แมนเชสเตอร์ซิตีต้องเข้าสู่ความตกต่ำครั้งใหญ่ในเวลาต่อมา มัลคอล์ม อัลลิสัน กลับมาคุมทีมเป็นครั้งที่สองใน ค.ศ. 1979 แต่ทำผลงานย่ำแย่ และยังล้มเหลวในการลงทุนซื้อตัวผู้เล่น โดยเซ็นสัญญากับผู้เล่นราคาแพงอย่าง สตีฟ เดลีย์ กองกลางชาวอังกฤษซึ่งไม่เข้ากับระบบทีม ทำให้อัลลิสันต้องลาทีมไป และถูกแทนที่โดย จอห์น บอนด์ ซึ่งพาทีมเข้าชิงชนะเลิศเอฟเอคัพใน ค.ศ. 1981 แต่แพ้ทอตนัมฮอตสเปอร์ในนัดแข่งใหม่ และพวกเขามีช่วงเวลาที่มืดมนที่สุดในประวัติศาสตร์โดยตกชั้นถึงสองครั้ง (ฤดูกาล 1983 และ 1987) ส่งผลให้สโมสรต้องลงไปแข่งขันในลีกระดับสาม (ฟุตบอลลีกวันในปัจจุบัน) แต่สามารถกลับสู่ลีกสูงสุดได้ใน ค.ศ. 1989 และมีผลงานที่พัฒนาขึ้นจนจบในอันดับห้าสองฤดูกาลติดต่อกันใน ค.ศ. 1991 และ 1992 ภายใต้การคุมทีมของปีเตอร์ รีด แต่โชคชะตาก็ดูเหมือนจะเล่นตลกกับพวกเขาอีกครั้ง โดยแม้ว่าซิตีจะเป็นหนึ่งในสโมสรผู้ร่วมก่อตั้งพรีเมียร์ลีกซึ่งเป็นการแข่งขันลีกสูงสุดที่เปลี่ยนชื่อมาจากฟุตบอลดิวิชันหนึ่ง พวกเขากลับมีผลงานที่ตกต่ำลงเรื่อย ๆ หลังจากนั้น โดยหลังจบอันดับเก้าในฤดูกาลแรก พวกเขากลายเป็นเพียงทีมท้ายตารางและตกชั้นใน ค.ศ. 1996 และหลังจากเล่นในลีกสองอยู่สองฤดูกาล พวกเขาสร้างสถิติย่ำแย่ที่สุดในประวัติศาสตร์สโมสรอีกครั้ง ด้วยการมีคะแนนในฤดูกาลน้อยที่สุดตั้งแต่ลงแข่งขันฟุตบอลลีก ทั้งยังเป็นหนึ่งในสองสโมสรของทวีปยุโรปที่เคยชนะการแข่งขันถ้วยยุโรป แต่ต้องตกชั้นลงไปเล่นในลีกระดับสามของประเทศ ต่อจากสโมสรมักเดเบิร์กในเยอรมนี

ฟื้นตัว (2000–07)

เดวิด เบิร์นชไตน์ นักธุรกิจชาวอังกฤษเข้ามาบริหารสโมสรในฐานะเจ้าของทีมคนใหม่ สโมสรมีฐานะทางการเงินที่ดีขึ้น และภายใต้การคุมทีมของ โจ รอยล์ อดีตนักฟุตบอลชาวอังกฤษ สโมสรเลื่อนชั้นสู่ดิวิชั่นสองได้อีกครั้งจากการเอาชนะจิลลิงงัม รวมถึงการทำผลงานยอดเยี่ยมจนเลื่อนชั้นกลับสู่พรีเมียร์ลีกได้สำเร็จ กระนั้น นี่ถือเป็นข้อพิสูจน์อย่างชัดเจนว่าสโมสรที่กำลังอยู่ในสภาวะฟื้นตัวไม่อาจอยู่รอดในลีกสูงสุดของฟุตบอลยุโรปได้อย่างมั่นคง แมนเชสเตอร์ซิตีต้องตกชั้นอีกครั้งใน ค.ศ. 2001 ทว่านั่นก็เป็นการตกชั้นครั้งสุดท้ายของสโมสรมาจนถึงปัจจุบัน เควิน คีแกนพาทีมเลื่อนชั้นกลับมาได้อีกครั้งในฐานะผู้ชนะการแข่งขันดิวิชันหนึ่ง (ลีกระดับสองในขณะนั้น) ในฤดูกาล 2001–02 รวมทั้งสร้างสถิติใหม่มากมายให้แก่สโมสรทั้งการทำคะแนนมากที่สุดในฟุตบอลลีก และการทำประตูมากที่สุดในหนึ่งฤดูกาล

สโมสรลงเล่นที่สนามเมนโรดเป็นฤดูกาลสุดท้ายในฤดูกาล 2002–03 ซึ่งในฤดูกาลนั้นยังมีการแข่งขันนัดสำคัญโดยแมนเชสเตอร์ซิตีเปิดสนามเอาชนะแมนเชสเตอร์ยูไนเต็ดไป 3–1 ยุติช่วงเวลา 13 ปีติดต่อกันที่พวกเขาไม่ชนะในดาร์บีแมนเชสเตอร์ สโมสรผ่านเข้าไปเล่นในฟุตบอลยุโรปเป็นครั้งแรกในรอบ 25 ปี และย้ายสู่สนามแห่งใหม่ สนามกีฬาซิตีออฟแมนเชสเตอร์ แต่ในช่วงสี่ฤดูกาลแรกที่สนามแห่งใหม่ พวกเขาทำได้เพียงประคองตัวจบอันดับกลางตารางเท่านั้น สเวน-เยอราน เอริกซอน ผู้จัดการทีมชาวสวีเดนเข้ามาคุมทีมใน ค.ศ. 2007 ก่อนจะถูกปลด และแทนที่ด้วย มาร์ก ฮิวส์ ในปีต่อมา

การเปลี่ยนแปลงครั้งใหญ่ และยุคทองของสโมสร (2008–ปัจจุบัน)

สโมสรกลับไปประสบปัญหาการเงินอีกครั้ง เป็นเหตุพิจารณาให้ ทักษิณ ชินวัตร อดีตนายกรัฐมนตรีของประเทศไทยเข้าซื้อกิจการและดำรงตำแหน่งประธานสโมสร แต่เนื่องจากปัญหาคดีความทางการเมืองของทักษิณทำให้การบริหารสโมสรต้องหยุดชะงัก กลุ่มทุนอาบูดาบีได้ซื้อสโมสรต่อด้วยมูลค่า 210 ล้านปอนด์ และถือเป็นจุดเริ่มต้นของการเป็นหนึ่งในทีมมหาเศรษฐีแห่งวงการฟุตบอลยุโรปมานับแต่นั้น ในฤดูกาล 2008–09 สโมสรทำการเซ็นสัญญากับผู้เล่นค่าตัวแพงอย่าง โรบินยู จากเรอัลมาดริดด้วยราคา 32.5 ล้านปอนด์ แต่ผลงานของสโมสรยังไม่เป็นที่ประทับใจนักแม้จะผ่านเข้ารอบก่อนรองชนะเลิศถ้วยยูฟ่าคัพ ทำให้ทีมทำการลงทุนครั้งใหญ่ด้วยจำนวนเงินกว่า 100 ล้านปอนด์ ซึ่งแลกมาด้วยผู้เล่นชื่อดังได้แก่ แกเร็ท แบร์รี, โรเก ซานตา ครูซ, โกโล ตูเร, เอ็มมานูเอล อาเดบายอร์, การ์โลส เตเบซ และ โจเลียน เลสคอตต์ ในเดือนธันวาคม ค.ศ. 2009 ฮิวส์ถูกแทนที่โดย โรแบร์โต มันชีนี ซึ่งพาทีมจบอันดับห้าในพรีเมียร์ลีกได้สิทธิ์แข่งขันยูฟ่ายูโรปาลีก

ภายใต้การคุมทีมของมันชินี สโมสรก้าวขึ้นมาเป็นหนึ่งในสโมสรชั้นนำของอังกฤษ พวกเขาเข้าชิงชนะเลิศเอฟเอคัพใน ค.ศ. 2011 เป็นครั้งแรกในรอบ 30 ปี และเอาชนะสโตกซิตี 1–0 และยังชนะแมนเชสเตอร์ยูไนเต็ดในรอบรองชนะเลิศ คว้าแชมป์เอฟเอคัพสมัยที่ห้า และยังเป็นการกลับมาชนะเลิศถ้วยรางวัลครั้งแรกในรอบกว่า 35 ปี นับตั้งแต่ได้แชมป์ลีกคัพใน ค.ศ. 1976 รวมทั้งได้สิทธิ์ผ่านเข้าไปเล่นยูฟ่าแชมเปียนส์ลีกเป็นครั้งแรกนับตั้งแต่ปี 1968 โดยจบฤดูกาล 2010–11 ด้วยอันดับสามในพรีเมียร์ลีก

ในฤดูกาล 2011–12 แมนเชสเตอร์ซิตีทำผลงานได้ยอดเยี่ยม รวมถึงการบุกไปชนะสเปอร์ 5–1 และบุกไปชนะแมนเชสเตอร์ยูไนเต็ดได้ถึงโอล์ดแทรฟฟอร์ด 6–1 และได้ลุ้นแชมป์กับยูไนเต็ดถึงช่วงท้ายฤดูกาล กระทั่งวันที่ 13 พฤษภาคม ค.ศ. 2012 ซึ่งเป็นนัดสุดท้ายของการแข่งขัน ทั้งคู่มีคะแนนเท่ากันคือ 86 คะแนน แต่ผลต่างของประตูได้เสียของแมนเชสเตอร์ซิตีดีกว่า โดยแมนเชสเตอร์ซิตีพบกับควีนปาร์คแรนเจอส์ ที่เอติฮัดสเตเดียม ขณะที่แมนเชสเตอร์ยูไนเต็ดออกไปเยือนซันเดอร์แลนด์ ซึ่งทั้งคู่ต่างต้องการชัยชนะ หากยูไนเต็ดชนะ และซิตีทำได้แค่เสมอหรือแพ้ ยูไนเต็ดจะคว้าแชมป์ทันที ปรากฏว่ายูไนเต็ดเอาชนะซันเดอร์แลนด์ไปได้ 1–0 และในเกมที่ซิตีพบกับควีนปาร์คแรนเจอส์นั้น พวกเขาตามหลังอยู่ 1–2 กระทั่งช่วงทดเวลาบาดเจ็บ ซิตีพลิกกลับขึ้นมานำในนาทีที่ 91 และ 94 อย่างปาฏิหาริย์จากประตูของกองหน้าคนสำคัญ เซร์ฆิโอ อาเกวโร ช่วยทีมชนะ 3–2 คว้าแชมป์พรีเมียร์ลีกไปครองหลังจากรอคอยแชมป์ลีกสูงสุดมานานกว่า 44 ปี

แต่ในฤดูกาล 2012–13 แมนเชสเตอร์ซิตีไม่ได้แชมป์อะไรเลย โดยทำได้เพียงรองแชมป์พรีเมียร์ลีก และตกรอบแบ่งกลุ่มยูฟ่าแชมเปียนส์ลีกเป็นปีที่สองติดต่อกัน อีกทั้งเมื่อเข้าชิงเอฟเอคัพกับวีแกนแอธเลติก ซึ่งตกชั้นในฤดูกาลนั้น ก็กลับเป็นฝ่ายแพ้ไป 0–1 กอปรกับการที่มันชินีมีปัญหากับผู้บริหาร จึงเป็นชนวนให้ผู้บริหารปลดมันชีนีออกจากตำแหน่ง และแทนที่ด้วย มานูเอล เปเลกรินิ ซึ่งพาทีมคว้าแชมป์ลีกคัพและพรีเมียร์ลีกได้ในฤดูกาล 2013–14 แต่ผลงานไม่เป็นที่ประทับใจในเวลาต่อมา เป็นเหตุให้เขาถูกปลดเมื่อจบฤดูกาล 2015–16แม้จะพาทีมคว้าแชมป์ลีพคัพได้อีกครั้ง

เปป กวาร์ดิโอลา ผู้จัดการทีมชื่อดังซึ่งประสบความสำเร็จกับบาร์เซโลนาและไบเอิร์นมิวนิกได้รับการแต่งตั้งในฤดูกาล 2016–17 และถือเป็นช่วงเวลาที่สโมสรประสบความสำเร็จมากที่สุด โดยคว้าแชมป์พรีเมียร์ลีกฤดูกาล 2017–18 พร้อมทำสถิติเป็นทีมแชมป์ที่มีคะแนนสูงที่สุดในประวัติศาสตร์ 100 คะแนน รวมทั้งสร้างสถิติพรีเมียร์ลีกอีกมากมาย และยังคว้าแชมป์อีเอฟแอลคัพ (ลีกคัพ) เอาชนะอาร์เซนอล 3–0 นอกจากนี้ เซร์ฆิโอ อาเกวโร ยังกลายเป็นผู้ทำประตูสูงที่สุดตลอดกาลของสโมสร

ฤดูกาล 2018–19 ถือเป็นฤดูกาลที่ดีที่สุดในประวัติศาสตร์ กวาร์ดิโอลา พาทีมคว้าสามถ้วยรางวัลหลักได้แก่ พรีเมียร์ลีก, ลีกคัพ และเอฟเอคัพ ถือเป็นครั้งแรกที่สโมสรสามารถป้องกันแชมป์ลีกได้ และยังเป็นทีมฟุตบอลชายทีมแรกของอังกฤษที่ชนะเลิศการแข่งขันภายในประเทศได้สามรายการในฤดูกาลเดียวกัน (ทริปเปิลแชมป์) ก่อนที่สโมสรจะได้รับโทษแบนห้ามลงแข่งขันในฟุตบอลยุโรปเป็นเวลาสองฤดูกาลจากการละเมิด ไฟแนนเชียล แฟร์ เพลย์ อย่างไรก็ตาม พวกเขาได้ยื่นคำร้องต่อศาลอนุญาโตตุลาการกีฬา และพ้นจากข้อกล่าวหารวมถึงการได้ลดจำนวนเงินค่าปรับจาก 30 ล้านยูโร เหลือ 10 ล้านยูโร

แมนเชสเตอร์ซิตีไม่ประสบความสำเร็จในการป้องกันแชมป์พรีเมียร์ลีกในฤดูกาล 2019–20 โดยเสียแชมป์ให้แก่ลิเวอร์พูล แต่พวกเขายังป้องกันแชมป์อีเอฟแอลคัพได้เป็นปีที่สามติดต่อกัน ชนะแอสตันวิลลา 2–1 ถัดมาในเดือนเมษายน ค.ศ. 2021 สโมสรประกาศเจตนารมณ์เข้าร่วมการแข่งขันเดอะซูเปอร์ลีก ร่วมกับสโมสรชั้นนำในยุโรป โดยมีวัตถุประสงค์เพื่อคานอำนาจกับสหภาพสมาคมฟุตบอลยุโรปในการแข่งขันยูฟ่าแชมเปียนส์ลีก ทว่าแผนดังกล่าวได้รับการต่อต้านอย่างรุนแรงจากแฟนบอล, สปอนเซอร์, สโมสรชั้นนำบางสโมสร และรัฐบาลอังกฤษ รวมถึง บอริส จอห์นสัน นายกรัฐมนตรีสหราชอาณาจักร และผู้จัดการทีม เปบ กวาร์ดิโอลา ส่งผลให้สโมสรต้องประกาศยกเลิกแผนดังกล่าวในอีก 48 ชั่วโมงต่อมาร่วมกับสโมสรชั้นนำของอังกฤษอีกห้าสโมสร

สโมสรจบฤดูกาล 2020–21 ด้วยการกลับมาครองแชมป์พรีเมียร์ลีก ถือเป็นแชมป์ครั้งที่สามในรอบสี่ฤดูกาล โดยมีคะแนนมากกว่าแมนเชสเตอร์ยูไนเต็ด 12 คะแนนคว้าแชมป์ได้ในขณะที่เหลือการแข่งขันอีกสามนัด และคว้าแชมป์อีเอฟแอลคัพสี่สมัยติดต่อกัน ชนะสเปอร์ 1–0 ส่งผลให้ เปป กวาร์ดิโอลาเป็นผู้จัดการทีมที่ประสบความสำเร็จมากที่สุดในประวัติศาสตร์สโมสร พวกเขายังเข้าชิงชนะเลิศยูฟ่าแชมเปียนส์ลีกได้เป็นครั้งแรกแต่แพ้เชลซี 0–1 ที่สนามอิชตาดียูดูดราเกา ต่อมาในฤดูกาล 2021–22 สโมสรทำการลงทุนครั้งใหญ่อีกครั้งด้วยการเซ็นสัญญากับ แจ็ก กรีลิช ด้วยค่าตัวสถิติสโมสร 100 ล้านปอนด์ และยังเป็นสถิติการซื้อตัวที่แพงที่สุดของสโมสรในอังกฤษ และแม้จะตกรอบฟุตบอลถ้วยทุกรายการ แต่สโมสรสามารถคว้าแชมป์พรีเมียร์ลีกได้อีกครั้ง ถือเป็นแชมป์ลีกสูงสุดสมัยที่ 8 และยังเป็นการคว้าแชมป์ได้ถึง 4 จาก 5 ฤดูกาลหลังสุด

ในวันที่ 6 กุมภาพันธ์ ค.ศ. 2023 พรีเมียร์ลีกได้ออกแถลงการณ์ว่า แมนเชสเตอร์ซิตีได้ละเมิดกฎ ไฟแนนเชียล แฟร์ เพลย์ มากกว่า 100 ครั้ง นับตั้งแต่ฤดูกาล 2009–2018 หลังจากมีการสอบสวนเชิงลึกมายาวนานกว่าสี่ปี ซึ่งเรื่องนี้ได้เข้าสู่กระบวนการทางกฎหมาย โดยหากสโมสรมีความผิดจริง อาจได้รับโทษด้วยการตัดคะแนนในลีกหรืออาจถึงขั้นถูกตัดออกจากการแข่งขันลีกสูงสุด ต่อมา สโมสรคว้าแชมป์พรีเมียร์ลีกฤดูกาล 2022–23 ได้อีกครั้ง ถือเป็นแชมป์ครั้งที่ 5 ในรอบ 7 ฤดูกาลที่กวาร์ดิโอลาคุมทีม และเป็นแชมป์ลีกสูงสุดสมัยที่เก้า

ฐานะการเงินและการเป็นเจ้าของ

แต่เดิม บริษัท แมนเชสเตอร์ ซิตี จำกัด ( Manchester City Limited ) เป็นเจ้าของ สโมสรแมนเชสเตอร์ ซิตี ( Manchester City FC ) ซึ่งมีส่วนแบ่งหุ้นมากถึง 54 ล้านหุ้น ต่อมา ผู้ถือหุ้นรายใหญ่ได้ประกาศขายหุ้นในช่วง ค.ศ. 2006 เนื่องจากประสบปัญหาการเงินกอปรกับผลงานที่ไม่ดีของทีม ก่อนที่จะตกลงขายให้แก่ UK Sports Investments Limited (UKSIL) ซึ่งบริหารโดย ทักษิณ ชินวัตร อดีตนายกรัฐมนตรีของประเทศไทย UKSIL ได้ยื่นข้อเสนออย่างเป็นทางการเพื่อซื้อหุ้นที่ถือโดยผู้ถือหุ้นรายย่อยจำนวนหลายพันราย

นับตั้งแต่ ค.ศ. 1995 หุ้นของสโมสรมีการซื้อขายในตลาดหลักทรัพย์ พลัส ( PLUS ) ซึ่งเป็นตลาดหลักทรัพย์ของกรุงลอนดอน โดยมีบริษัทมากถึง 222 บริษัทจดทะเบียนซื้อขายกันในตลาดนี้รวมถึงสโมสรชื่อดังอย่าง อาร์เซนอล ในพรีเมียร์ลีก และกลาสโกว์เรนเจอส์ ในสกอตติชพรีเมียร์ชิป ภายหลังการเข้าซื้อหุ้นของ UKSIL ส่งผลให้ทักษิณกลายเป็นผู้ถือหุ้นรายใหญ่จำนวน 75 เปอร์เซ็นต์ และได้นำสโมสรแมนเชสเตอร์ซิตีออกจากตลาดหลักทรัพย์ใน ค.ศ. 2007 ก่อนจะจดทะเบียนเป็นบริษัทเอกชนจำกัด และในเวลาต่อมา ทักษิณสามารถรวบรวมหุ้นได้ถึง 90 เปอร์เซ็นต์ และขจัดผู้ถือหุ้นรายย่อยอื่น ๆ เพื่อเปิดทางให้ UKSIL เป็นผู้ถือครองหุ้นทั้งหมด ก่อนที่ตนเองจะขึ้นดำรงตำแหน่งประธานสโมสร และแต่งตั้งบุตรสองคนคือ พินทองทา และ พานทองแท้ เข้ามาร่วมบริหารในฐานะผู้อำนวยการร่วม และ จอห์น วอร์เดิล ประธานสโมสรคนก่อนหน้าได้ถูกลดบทบาทลงมา แต่ยังเป็นหนึ่งในคณะกรรมการฝ่ายบริหาร และหลังจากร่วมงานกันได้หนึ่งปี วอร์เดิลได้ลาออกใน ค.ศ. 2008 หลังจากสโมสรแต่งตั้ง แกร์รี่ คุก อดีตผู้บริการของไนกี้เข้ามาดำรงตำแหน่งประธานกรรมการบริหาร

ทักษิณอนุมัติเงินซื้อนักเตะให้แก่ สเวน-เยอราน เอริกซอน ผู้จัดการทีมในขณะนั้นเป็นจำนวนเงินถึง 30 ล้านปอนด์ ซึ่งเป็นสถิติใหม่ของสโมสร โดยก่อนหน้านั้นสโมสรถูกจัดอยู่ในกลุ่มที่มีการใช้เงินซื้อขายนักเตะต่ำ เนื่องจากผลงานที่ไม่สม่ำเสมอในช่วงหลายทศวรรษที่ผ่านมา ทว่าการบริหารสโมสรของทักษิณต้องประสบปัญหาใหญ่ในเวลาต่อมา สืบเนื่องจากปัญหาด้านคดีความทางการเมืองของเขา นำไปสู่การขายทีมให้แก่กลุ่มนายทุนจาก Abu Dhabi United Group Investment and Development Limited ในอาบูดาบีซึ่งเป็นมหาเศรษฐีของสหรัฐอาหรับเอมิเรตส์ การซื้อขายมีการประกาศอย่างเป็นทางการในช่วงเช้าของวันที่ 1 กันยายน ค.ศ. 2008 ซึ่งตรงกับวันสุดท้ายของตลาดซื้อขายนักเตะ นำไปสู่การเปิดตัวผู้เล่นอย่าง โรบินยู จากเรอัลมาดริดด้วยค่าตัว 32.5 ล้านปอนด์ ซึ่งต้องแย่งตัวกับเชลซี นับตั้งแต่นั้น แมนเชสเตอร์ซิตีได้ยกระดับทีมขึ้นมาเป็นหนึ่งในสโมสรชั้นนำของโลกด้วยการลงทุนมหาศาลในตลาดซื้อขายนักเตะ และยังติดอันดับหนึ่งในสโมสรที่ร่ำรวยที่สุด และมีมูลค่าทีมสูงที่สุดในโลกเป็นประจำจากการจัดอันดับทุกปี